鄭芝龍攻陷廈門的消息傳到北京，讓剛即位的崇禎煞是頭痛，崇禎同時(shí)要面對(duì)皇太極、李自成、張獻(xiàn)忠，已經(jīng)很頭痛了，但在崇禎眼里，鄭芝龍只是癬疥之疾，李自成張獻(xiàn)忠是肘腋之變，而皇太極才是心腹之患，所以招降鄭芝龍被崇禎擺上了日程。

    此時(shí)鄭芝龍日子也不好過，一方面，他在臺(tái)灣與荷蘭人已經(jīng)形成了對(duì)峙狀態(tài)，另一方面，他雖是海盜中最強(qiáng)者，但許多股海盜并不聽他的，他的局面并不穩(wěn)定。福建的旱災(zāi)還沒結(jié)束，鄭芝龍畢竟是福建人，對(duì)于桑梓之地的人民，他決心救其于水火，他除了賑濟(jì)災(zāi)民外，還大量移民入臺(tái)灣，人數(shù)高達(dá)數(shù)萬。這是臺(tái)灣有史以來最大的一次移民高潮。為了吸引饑民渡海入臺(tái)，他提出所有移民臺(tái)灣者每人給銀三兩，三人給牛一頭。毫無疑問，如此大規(guī)模移民，鄭芝龍需要政府方面的配合，而饑民移民臺(tái)灣，也能大大減輕福建的壓力，福建是人口大省，但沿海五十里外幾乎都是山，很難耕作，因此這對(duì)政府也是有利的。

    就這樣，崇禎與鄭芝龍一拍即合，鄭芝龍被崇禎封為副將，然后他打著官軍旗號(hào)剿滅其他各股不聽招呼的海盜，部隊(duì)擴(kuò)展到了三萬余人、戰(zhàn)船千余艘。

    鄭芝龍以廈門為據(jù)點(diǎn)，開始規(guī)范內(nèi)部管理，以仁、義、禮、智、信命名，建立了五大流通體系，管轄遍布內(nèi)陸各地的流通渠道，另以金、木、水、火、土命名，建立五支艦隊(duì)，航行在印度洋和西太平洋。他同時(shí)頒布令旗，實(shí)際上就是海上的保險(xiǎn)單，繳納了保護(hù)費(fèi)的船上可以掛上他的令旗，如果出事，他全額賠償。這項(xiàng)保險(xiǎn)收入，達(dá)到了每年四百萬兩黃金。鄭芝龍徹底壟斷了東印度洋和西太平洋的貿(mào)易，這是荷蘭人不可能接受的，于是1633年7月7日，荷蘭艦隊(duì)主力占領(lǐng)了鄭芝龍控制的南澳島，對(duì)鄭芝龍發(fā)起進(jìn)攻。7月12日，荷蘭人偷襲廈門港，擊沉鄭芝龍大型戰(zhàn)船30艘，小型戰(zhàn)船20艘。7月14日鄭芝龍派出使者與荷蘭人交涉。

    荷蘭人向鄭芝龍收買路錢，讓他每周給荷蘭人二十五頭豬、二十五頭牛、一百只雞，此外荷蘭人還提出一系列條件：在鼓浪嶼建立貿(mào)易據(jù)點(diǎn)，荷蘭人在中國沿海無障礙收購商品，不準(zhǔn)任何中國船只前往馬尼拉，荷蘭人在中國享有與中國人同等的法律權(quán)利。

    鄭芝龍拒絕了荷蘭的這些要求，決定讓荷蘭人吃火炮，并下令每斬殺一個(gè)荷蘭人賞銀五十兩，隨后他率一百五十艘戰(zhàn)艦（其中的五十艘戰(zhàn)艦配有英國火炮）從海澄誓師出發(fā)，在遭遇戰(zhàn)中擊沉了荷軍偵察船，隨后繼續(xù)前進(jìn)，于1633年10月22日在料羅灣包圍了荷軍。鄭芝龍以火船為先鋒，對(duì)荷蘭艦隊(duì)猛烈沖鋒，與荷蘭九艘戰(zhàn)艦作戰(zhàn)。此戰(zhàn)據(jù)福建巡撫《奉剿紅夷報(bào)捷書》記載，鄭芝龍擊沉了荷蘭五艘戰(zhàn)艦，俘獲了一艘戰(zhàn)艦，而據(jù)荷蘭人的記載，荷蘭有一艘戰(zhàn)艦被鄭芝龍燒毀，一艘被俘虜，三艘戰(zhàn)艦在戰(zhàn)役中受傷后撤退的途中遭到臺(tái)風(fēng)襲擊而沉沒，還有三艘不知去向。

    戰(zhàn)后荷蘭人不得不接收明朝苛刻的條件，賠償大量軍費(fèi)，徹底放棄壟斷中國沿海貿(mào)易的企圖，以書面方式承認(rèn)鄭芝龍的海上霸權(quán)。在清朝歷史上，一貫是中國人給外國人賠款，然而在明朝，即便是明末，依然是西方列強(qiáng)給中國賠款。這一仗，鄭芝龍首開東方國家在海戰(zhàn)幾乎全殲西方殖民者的先例。崇禎中，（荷夷）為鄭芝龍所破，不敢窺內(nèi)地者數(shù)年（《明史》）。鄭芝龍被崇禎稱為海疆長城，并提拔為南澳鎮(zhèn)副總兵。

    料羅灣海戰(zhàn)后鄭芝龍徹底取得西太平洋制海權(quán)，一時(shí)海氛頗息，通販洋貨，內(nèi)客外商，皆用鄭氏旗號(hào)，無儆無虞，商賈有二十倍之利。海船不得鄭氏令旗，不能往來。每一船，例入三千金。歲入千萬計(jì)。芝龍以此富敵國，自筑城于安平海梢，直通臥內(nèi)，可泊船，徑達(dá)海。其守城兵，自給餉，不取于官，旗幟鮮明，戈甲堅(jiān)利。凡賊遁入海者，檄付芝龍，取之如寄。（《明季北略》）各國皆飛黃（鄭芝龍）旗號(hào)，滄海大洋如內(nèi)地矣，中國官方第一次對(duì)大洋深處實(shí)施了有效管理。而鄭芝龍的聯(lián)合艦隊(duì)規(guī)模也達(dá)到二十萬人，三千艘戰(zhàn)船，成為西太平洋地區(qū)最大的海軍，臺(tái)灣海峽則完全成為鄭芝龍的內(nèi)海。占城、越南南部、呂宋、孟買、長崎、巴達(dá)維亞（雅加達(dá)）、馬六甲、柬埔寨、暹羅（泰國）等地全都成了鄭芝龍艦隊(duì)的通商港口。

    鄭芝龍通過令旗來收買路錢，壯大艦隊(duì)，崇禎則從鄭芝龍的買路錢里獲得一部分作為稅收，明朝官方不費(fèi)一兵一卒、一槍一彈，贏得東南沿海的和平與繁榮，這是中國歷史上唯一一次政府與海盜真正的精誠團(tuán)結(jié)，各得其所。這種合作的意義，與英國女王伊麗莎白一世與海盜德雷克的合作完全一樣，有效地整合了國家力量與民間力量。

    對(duì)比西方的殖民擴(kuò)張史，鄭芝龍的發(fā)跡史恰恰是西方無數(shù)海商發(fā)跡史在中國的翻版。此戰(zhàn)后福建廣東海外貿(mào)易日益繁榮，如能照此發(fā)展，以明朝中后期中國人思想的開放程度和科學(xué)技術(shù)發(fā)展程度而言，古老中國將走向自己獨(dú)有的近代化歷程。遺憾的是，隨著清軍入關(guān)，中華民族的民族性和商品經(jīng)濟(jì)遭到了毀滅性打擊。

    中華民族走向海洋的希望隨著清國的海禁破滅了，碩大無朋的帝國又回到了那片黃色的土地，回到了農(nóng)業(yè)社會(huì)。有明一代也許就像狄更斯在《雙城記》開頭所寫的那樣：我們所處的時(shí)代是那樣的時(shí)代，那是最美好的時(shí)代，那是最糟糕的時(shí)代；那是智慧的年頭，那是愚昧的年頭；那是信仰的時(shí)期，那是懷疑的時(shí)期；那是光明的季節(jié)，那是黑暗的季節(jié)；那是希望的春天，那是失望的冬天。我們很快要上天堂了，我們也要下地獄了。哎，痛！